肺深部真菌感染往往由于吸入各真菌孢子的尘土，其发病率由于广谱抗生素、抗代谢细胞毒性药物、免疫抑制剂，以及激素的经常应用，有明显增加.

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真菌感染的实验室检查是包括直接镜检法和培养法、病理学方法、血清学方法和分子生物学方法等检查方法。

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真菌感染引起的疾病称为真菌病，发病率最高的念珠菌病和皮肤癣菌病由人体正常菌群的真菌引起， 感染可区分为：表面感染,皮肤感染，皮下组织感染，深部感染和条件性感染。

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在人类引起侵袭性感染的真菌一直被分为原发性致病菌和机会性致病菌。

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暗色丝孢霉病(phaeohyphomycosis)是一组暗色真菌引起的以组织中有暗色菌丝为特征的皮肤、皮下组织或系统性感染。1974年ajello提出此命名。

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球孢子菌病(coccidioidomycosis)是由粗球孢子菌引起的肺或其他器官的真菌病。肺是球孢子菌的侵入门户，也是最常受累的器官。临床分为原发性和进行性。

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角膜感染表现为角膜有菌苔或溃疡，皮下组织型暗色丝孢霉病可见皮下组织有稀薄脓液，囊肿内有渗出液，若囊肿壁切除不全、留有窦道，可长期不愈。

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肺孢子丝菌病是由申克孢子丝菌(sporotrichum schenskii)引起的肺部慢性真菌病，是常见的深部真菌病之一。

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真菌性关节炎又称霉菌性关节炎。真菌感染所致肌肉骨骼病变罕见，但致病性和机遇性真菌感染的发生以及新种真菌感染的出现则在增多，特别是免疫抑制病人。慢性演变和诊断迟延都是常有的事。

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肺泡炎病因甚多常见的有含放线菌和真菌孢子、动植物蛋白质、细菌及其产物昆虫抗原和某些化学物质等有机尘埃。有些尘埃的抗原性质至今尚未明确。一般认为农民肺的病因主要是普通高温放线菌。

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